Ngày 28 tháng 7 năm 2014, Hội ra thông báo số 2, cho biết chỉ sau 10 ngày khởi sự, trang mạng Việt Nam Thời Báo, cơ quan ngôn luận chính thức của Hội Nhà báo độc lập Việt Nam, đã bị hacker phá hoại khiến nhiều độc giả không thể truy cập được.[12]

Ngày 4 tháng 9 năm 2014, Hội ra thông báo số 5 [13] theo đó:

• "Từ ngày 1/9/2014, trang Facebook mang tên Việt Nam Thời Báo do ông Ngô Nhật Đăng điều hành không còn mang danh nghĩa là một trang báo của Hội NBĐLVN, cũng không còn mối liên quan nào với Hội NBĐLVN về quan điểm, nội dung, nhân sự và tài chính." Ông Ngô Nhật Đăng đã được Ban lãnh đạo Hội phân công, điều hành trang Facebook Việt Nam Thời Báo với chức trách biên tập chính. Ban lãnh đạo Hội cho là ông ta đã có một số biểu hiện trên trang FB VNTB vi phạm Điều lệ Hội NBĐLVN. Cho nên:
• Hiện thời, tờ báo duy nhất của Hội NBĐLVN là trang web điện tử Việt Nam Thời Báo.
• Hội NBĐLVN cũng có các kênh mạng xã hội liên quan như: Google Plus+; Fanpage; Twitter.